菇棚消毒后，把接過種的料袋搬運至菇棚內，進行堆垛發菌。堆垛的層次，要因氣溫高低而定，夏秋氣溫高時，堆放2-4層，料袋堆成“#”字形，交叉排放，便于散熱，并留出入行道；春冬氣溫低時，菌床應鋪上一層稻草或麥秸，堆放10—12層，上面再覆蓋塑料薄膜或草簾保溫，以提高堆溫，促進菌絲生長。
發菌管理的要點是：
一是保持溫度，定期在料袋間插溫度計，注意堆溫變化。發菌溫度以25℃—30℃為好，高于30℃時，應及時散堆，加大通風量，防止高溫燒壞菌絲，溫度低于20℃時，應設法增溫保溫。
二是通風換氣：菇棚每天通風2—3次，每次30分鐘，氣溫高時早晚通風，氣溫低時中午通風。
三是保持干燥，菇棚內空氣相對濕度以60％—70％為好。
四是光線要暗，弱光有利于菌絲生長。
五是翻堆。堆垛后每隔5—7天翻垛1次，將下層料袋往上垛，上層的往下垛，里往外，外往里垛，使受溫一致，發菌整齊。
六是通氣補氧。采用兩頭扎口封閉式發菌，在發菌早期，袋內含氧量可以滿足菌絲生長的需要，隨著菌絲生長量增大，袋內含氧量不足，就會影響菌絲正常生長。
當接種后10－15天，袋兩頭菌絲各長進料內2－3厘米時，可在菌絲生長線的后部1－2厘米處用大頭針圍繞菌袋等距離刺孔8－10個，或用削尖的竹筷由袋口往里扎孔3－4個，或將袋兩頭扎緊的繩稍加松開，利用松繩后袋口薄膜的自然張力，讓新鮮空氣進入袋內，以通氣補氧，促進菌絲健壯生長。
